El Municipio de San Bartolo Aguas es conocido entre los quiches como Sacmaquená, viniendo el nombre de Sac: Blanco, Mequen Calientes y Á: que es aféresis de já y significa Aguas Calientes Claras; Se supone que cote pueblo Maya existido durante el período indígena. El Comisario Francisco Alonso Ponic, menciona que en 1,586 era conocido como Aguas Calientes. Dentro de su jurisdicción han existido vestigios de la antigua población Ojetinamit, por ser un pueblo antiguo de la etnia K´iche que predominaba en el periodo Pre-hispánico. Los ancianos cuentan que el primer asiento del municipio estaba en Xeabaj aldea ubicada al sur-oeste de la actual cabecera municipal. Así mismo que el año 1,611 se dio una espantosa peste en el poblado de San Bartolo Aguas Calientes, razón por la cual, un poblador del municipio se vio en la necesidad de vender 50 caballerías de terreno, (lugar donde hoy esta ubicada la Aldea Pitzál) al señor Francisco Gómez Siguantay, un vecino de Momostenango, por lo que en la actualidad existe un litigio de tierras en relación con las Aldea Pitzal, Tierra Blanca y Tzanjón.
